A DNS nukleotid bázisainak ( citozin (C), guanin (G), adenin (A), timin T) sorrendjét meghatározó biokémiai módszer.A DNS (bázis)szekvenciája tartalmazza a sejtekben az örökletes genetikai információt, az élő szervezet működésének "alapprogramját".
A meghatározás során a DNS preparátumot megfelelő hasítóenzimmel keverik össze, ami a DNS szálat megfelelő helyeken elhasítja, rövidebb szálakat létrehozva. Újabb enzimekkel más helyen hasíthatók el a szálak.
A keletkezett fragmenteket gélelektroforézissel méret szerint szétválogatják.
Egy bizonyos szekvencia kereséséhez a fragmenteket denaturálva egyszálú láncokat hoznak létre. Ezután izotópos jelöléssel megkereshető az adott fragmnetum helye a gélben.